Το Μουσείο αναπτύσσει την εκθεσιακή του δραστηριότητα με μόνιμες και περιοδικές εκθέσεις, τις οποίες διοργανώνει με το επιστημονικό του προσωπικό και εξωτερικούς συνεργάτες, ενώ συνδιοργανώνει ή φιλοξενεί εκθέσεις συνεργαζόμενο με φορείς μέσα και έξω από την Ελλάδα.