Το Λαογραφικό και Εθνολογικό Μουσείο Μακεδονίας – Θράκης στεγάζεται  σε έπαυλη των αρχών του 20^ου αιώνα που βρίσκεται  στην ανατολική Θεσσαλονίκη, γνωστή ως «Έπαυλη Μοδιάνο», από τον αρχικό ιδιοκτήτη της Ισραηλίτη τραπεζίτη Γιακό Μοδιάνο, ή «Παλαιό Κυβερνείο», από τη χρήση της ως επίσημη κατοικία του Διοικητή Βορείου Ελλάδος κατά τον Μεσοπόλεμο. Η έπαυλη αποτελεί αξιόλογο δείγμα του εκλεκτικισμού της Θεσσαλονίκης, που αναπτύχθηκε στην παραθαλάσσια περιοχή της συνοικίας των «Πύργων» ή «Εξοχών», όπου συνοίκισαν από τα τέλη του 19^ου αι. εύποροι Θεσσαλονικείς διαφόρων εθνοτήτων.

Αρχιτεκτονική. Η κατασκευή της  έπαυλης πραγματοποιήθηκε γύρω στα 1905-1906 σε σχέδια του αρχιτέκτονα  Ελί Μοδιάνο, ο οποίος πρόσθεσε στο εκλεκτικιστικό της ύφος -κυρίως στα κιγκλιδώματα  και τα μεταλλικά θυρόφυλλα της κεντρικής εισόδου- στοιχεία Art Nouveau, του  νέου καλλιτεχνικού ρεύματος που γνώρισε κατά τη διάρκεια των σπουδών του στο Παρίσι στα τέλη του 19ου αιώνα.

Η διαμόρφωση των όψεων ακολουθεί την τυπική τριμερή διαίρεση: βάση-κορμός-στέψη, με βαριά λίθινη ακανόνιστη τοιχοποιία στο ημιυπόγειο, ελαφρότερη επεξεργασία με επιχρισμένες επιφάνειες, εμφανείς πλίνθους και μεγάλα ανοίγματα στον κορμό, δηλαδή στους δύο κύριους ορόφους, και στέγη με φολιδωτά κεραμίδια και παράθυρα. Τα τέσσερα επίπεδα του κτηρίου, έχουν συνολική επιφάνεια 1200 τ.μ. Κάθε επίπεδο περιέχει έναν μεγάλο κεντρικό οκταγωνικό χώρο, γύρω από τον οποίο ακτινωτά και ασύμμετρα αναπτύσσονται τα δωμάτια της έπαυλης. Η ασυμμετρία  αυτή, που προβάλλεται και στις όψεις, είναι χαρακτηριστική της εκλεκτικιστικής διάθεσης αλλά και της γραφικότητας (pittoresque) του συνολικού ύφους αυτών των επαύλεων. Χαρακτηριστικό στοιχείο της έπαυλης είναι ο βαθύς, διώροφος εξώστης προς τα δυτικά, ο οποίος καμπυλώνει στη νοτιοδυτική γωνία του κτηρίου, με κίονες και ελλειψοειδή τόξα στην περίμετρο. Η διώροφη αυτή «loggia» (στοά), έχει θέα τη θάλασσα και την κορυφογραμμή του Ολύμπου. Το μεγάλο άνοιγμα για τον φωτισμό του κεντρικού κλιμακοστασίου της έπαυλης φέρει υαλογράφημα (vitraille) με το βιβλικό θέμα του Παραδείσου, που αποτελεί μοναδικό σωζόμενο δείγμα βιτρώ ιδιωτικής κατοικίας της Θεσσαλονίκης.

 Χρήσεις.  Ως κατοικία των Μοδιάνο, το κτήριο χρησιμοποιήθηκε ελάχιστα. Το 1913, αμέσως μετά την απελευθέρωση της Θεσσαλονίκης, αγοράστηκε από το ελληνικό δημόσιο και παραχωρήθηκε στη βασιλική οικογένεια. Κατόπιν δόθηκε στον Γενικό Διοικητή Μακεδονίας, για να ξαναγίνει ανάκτορο για τον Γεώργιο Β΄, ο οποίος πρόσθεσε το 1937 το φυλάκιο στην ανατολική όψη. Το 1947 εγκαθίσταται στο κτήριο η νεοϊδρυθείσα Στρατιωτική Ιατρική Σχολή και στις αρχές του 1960 η Ιερατική Σχολή με λειτουργία Δημοτικού Σχολείου. Στα μέσα της ίδιας δεκαετίας το κτήριο παραχωρείται ως κατοικία του Υπουργού Βορείου Ελλάδος και από το 1970 στεγάζει το Λαογραφικό και Εθνολογικό Μουσείο Μακεδονίας.

Όλες αυτές οι χρήσεις επέφεραν στο κτήριο αλλαγές και προσαρμογές, ενώ ο διάκοσμος υπέστη σημαντική φθορά (οροφογραφίες της διώροφης στοάς). Με την πρώτη προσεκτική αποκατάσταση που πραγματοποίησε το 1970-1972 η Τεχνική Υπηρεσία Ν. Θεσσαλονίκης, σύμφωνα με μελέτη που συντάχθηκε από τον καθηγητή αρχιτεκτονικής του Α.Π.Θ. Νικόλαο Μουτσόπουλο, διαμορφώθηκε το κτήριο σε μουσείο. Με τη δεύτερη σημαντική αποκατάσταση και ανάπλαση την περίοδο 1995-2000, σύμφωνα με μελέτη της 4ης Εφορείας Νεωτέρων Μνημείων και του ΛΕΜΜ-Θ, επιστεγάστηκε το αίθριο του 3ου ορόφου και κατασκευάστηκε ο πύργος με το κλιμακοστάσιο διαφυγής στον ακάλυπτο. Το 2008 αποκαταστάθηκαν οι οροφογραφίες και την ίδια χρονιά πραγματοποιήθηκε το έργο της κατασκευής του Νέου Κτηρίου Περιοδικών Εκθέσεων και του περιβάλλοντος χώρου.

Σήμερα, το κτήριο του Λαογραφικού και Εθνολογικού Μουσείου Μακεδονίας - Θράκης, κηρυγμένο ήδη από το 1980 ως διατηρητέο μνημείο μαζί με τον αύλειο χώρο του, στεγάζει τις μόνιμες και περιοδικές εκθέσεις του ιδρύματος.